Los dos significan «ya» en preguntas, pero se utilizan:
Already, en preguntas para las que cabe esperar una respuesta afirmativa: Have you finished already? ¿Has terminado ya?
(sabemos que es así, y esperamos confirmación.)
Yet, en preguntas generales, cuya respuesta lo mismo puede ser afirmativa que negativa:
Have you finished yet? ¿Has terminado ya?
(no lo sabemos, y pedímos información.)
